兩岸經濟合作架構協議的影響遠遠超出經濟範疇。
海基海協兩會在重慶簽署的ECFA經濟合作協議，從協商階段以來在台灣內部爭議不斷，其爭議也未因協議獲得簽署而停止。
官方從總統馬英九到陸委會，直到簽署協議的前一刻，仍在持續宣揚ECFA好處與反駁質疑。
馬英九周二上午出席一場同企業家的會議上說，本來在兩岸間還要選邊的國家，現在可以同時與兩岸發展和平與繁榮的關係。
這些政府宣稱的眾多利益與好處，官方一段時間以來用置入性營銷在內的各種方式全力宣傳，但經常被在野黨質疑為誇大不實。
馬英九在周二晉升台灣軍隊將官的儀式上並說，此一協議使兩岸的和平與繁榮也向前邁進一步，許多外國人看得出來台海的和平越來越鞏固。
他對這些將軍說，兩岸關係改善與台海和平不但使兩岸人民獲利，也使得此一區域，以及區域外的都認為是正面的發展。
意識形態
陸委會則就媒體有關ECFA的終止條款會成為中國要挾籌碼的報道提出反駁，並稱此一報道是「不明就裏，以意識形態錯誤解釋」。
官方與支持國民黨的政治分析員說，這項協議將開創台灣「黃金十年」，反對者是基於意識形態，或是具有選舉操作政治目的。
但指責對手具有意識形態，並不意謂其本身不具意識形態或不會受到檢驗，也無法消除此一協議的政治性。
北京選擇在重慶此一國共和談城市簽署此一協議，在野黨諷刺國民黨正重演六十年前國共和談的敗局，並把台灣人民拖下水。
國共兩黨都稱協議不涉政治，然而雙方簽定這樣的協議，前提是具高度政治性的一個中國原則，且是在北京阻止國際上與台灣簽定自由貿易協議（FTA）情況下完成。
這樣的協議被不少人認為是具有政治目的的兩岸統一基礎工程，在上周末超過十萬人的大型示威活動上，支持台灣獨立的示威民眾憤怒的指責馬英九，意圖將台灣推向與中國統一的無可逆轉局面。
在馬英九上台後甚少與國民黨公開針鋒相對的前總統李登輝，則呼籲民眾「棄馬保台」。
公投與選舉
上周末台北要求公投的示威者惡搞兩岸領導人相片以示抗議。
李登輝領導的台聯黨在其逾十萬人聯署的公投遭到行政院審查否決後，準備將在周三（30日）再度向政府的中選會再度提出公投提案。
對於涉及兩岸事務或台灣主權相關的公投，北京一向堅決反對，執政的國民黨對此一公投也持反對態度。
在野的台聯黨與民進黨在此一議題上合作，雖然民進黨在台灣社會上的支持度與執政的國民黨足以分庭抗禮，但在唯一具有審查ECFA權力的立法院中，席位僅國民黨約三分之一。
民進黨除了不可能在後續立法院審議推翻ECFA協議外，也在行政院否決下無法發動公投，其目前在體制內僅能提出的訴求，是要選民在年底五都選舉中用選票表態。
此一包括台灣六成選民的五個都會區首長選舉，被廣泛視為下屆總統選舉的前哨戰。
所得分配
主張ECFA對台灣有利的人士，舉出一些宏觀經濟指針將隨協議簽署而改善，但宏觀經濟指標對人們並不具有同樣的所得分配意義。
一個例子是這樣的協議在台灣的不同社會階級有著不同反應，協議受到了在台跨國企業組成的外國商會歡迎，資本家與大型企業也多數積極支持。
但代表工薪階級的一些工會則多次表示疑慮，他們擔心的是過去兩岸經濟融合造成的台灣失業上升與工資下降，將隨著融合程度加大而進一步惡化。
以國民黨執政兩年多年來的狀況而言，一些現象顯示貧富差距擴大，比如在失業率創新高下，豪宅帶動房價出現暴升，這引起了民眾的普遍抱怨。
有分析員指出，若馬英九宣稱對台灣有極大好處的ECFA協議，僅增加財團與富人財富而未能改善多數台灣民眾生活，台灣可能因此再次出現政黨輪替。
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