در پی انتشار اعلاميه شورای امنيت ملی ايران که در آن روزنامه ها از موضع گيری در مورد استعفای آيت الله جلال الدين طاهری اصفهانی منع شده بودند، روزنامه آزاد توقيف شد.
اين روزنامه روز پنج شنبه 11 ژوئن در صفحه نخست خود، زير عنوان "بغضی که با کناره گيری ترکيد"، به نامه 125 نماينده مجلس در حمايت از آيت الله طاهری، و نظر بعضی از کارشناسان در اين زمينه اشاره کرده بود.
آيت الله طاهری اصفهانی روز چهارشنبه، آن طور که در استعفانامه خود نوشته بود، در اعتراض به وضعيت موجود حاکم بر ايران از مقام خود به عنوان امام جعمه اصفهان کناره گيری کرد.
"بيژن صف سری"، صاحب امتياز و سردبير روزنامه آزاد، در گفتگويی با بی بی سی اظهار داشت که با توجه به انتشار دير هنگام اعلاميه شورای امنيت ملی چهارشنبه شب و بی اطلاع بودن وی از اين مساله، مطالب گفته شده در روزنامه آزاد چاپ شد.
او افزود که صبح روز بعد (پنج شنبه) او مطلع شد که روزنامه توقيف شده است، ولی قرار است که در جلسه هيات نظارت بر مطبوعات اين مساله رفع شود.
وی در پاسخ به اين پرسش که چرا با اينکه روزنامه های ديگر هم به مساله استعفای آيت الله طاهری پرداخته بودند، تنها روزنامه آزاد توقيف شد، گفت: با توجه به اينکه روزنامه آزاد وابستگی ندارد و مستقل است، توقيف آن پيامدهای کمتری برای توقيف کنندگان در بر داشت.
او در مورد دلايل توقيف روزنامه گفت: درحکم توقيف به مسايلی از جمله شکايتهای مطرح شده عليه روزنامه در قبل اشاره شده، ولی علت اصلی بی توجهی به اعلاميه شورای امنيت ملی عنوان شده است.
