ايران، از نخستين کشورهايی بود که نسبت به حملات عليه آمريکا، واکنش نشان داد
محمد خاتمی، رييسجمهوری ايران در پی حملات تروريستی به شهرهای آمريكا، با صدور پيامی اين اقدام ها را محکوم کرد.
در پيام آقای خاتمی آمده است: "به نام ملت و دولت جمهوری اسلامی ايران، اقدام تروريستی هواپيما ربايی و حمله به مراكز عمومی در شهرهای آمريكا را كه شمار زيادی از مردم بیدفاع را به كام مرگ كشيد، محكوم میكنم و تاسف عميق و همدردی خود را با ملت آمريكا، بويژه آسيبديدگان و خانواده قربانيان حادثه، اعلام میدارم."
در ادامه اين پيام آمده است: "تروريسم، محكوم است و جامعه جهانی، بايد ريشهها و ابعاد آن را بشناسد و برای خشكاندن آن، گامهای اساسی بردارد. اراده اصولی دولت جمهوری اسلامی ايران، قطعا در اين مسير قرار دارد و برای تحقق اين باور اسلامی و انسانی، از هيچ اقدامی دريغ نخواهد داشت."
جيم ميور، گزارشگر بی بی سی در تهران گزارش داده است: ايران اغلب از سوی آمريکا متهم به حمايت از تروريسم می شود. ايران اين اتهامات را رد کرده است.
ايران به اين نکته اشاره می کند که کشورهای غربی پناهگاه گروههای خشونت طلب مخالف دولت شده اند که در داخل ايران حمله های مرگباری را با بمب انجام می دهند.
گزارشگر بی بی سی همچنين گفته است که در خيابانها، برخی از مردم عادی از اين حمله ها بهت زده شدند و برای قربانيان احساس تاسف کردند، ولی مانند ساير قسمتهای جهان اسلام، در ايران هم بسياری با مردم فلسطين احساس همدردی می کردند و معتقد بودند که حمله روز سه شنبه درسی است برای آمريکايی ها.