سيد حسين خمينی، نوه آيت الله خمينی، رهبر انقلاب اسلامی ايران که مدتی است به عراق رفته در گفت و گو با بخش فارسی بی بی سی گفته است که حکومت دينی منحصراً بايد در دست کسی باشد که به خداوند مستقيماً اتصال داشته باشد، يعنی پيامبر يا امامان معصوم و در شرايط کنونی که امام معصوم (امام دوازدهم شيعيان) در غيبت است کسی صلاحيت تشکيل حکومت دينی ندارد.
باور وی کاملاً با عقيده پدربزرگش منافات دارد که معتقد به تشکيل حکومت دينی بود و فقها را تنها کسانی می دانست که صلاحيت رهبری حکومت اسلامی دارند.
اما سيد حسين خمينی در گفت و گو با روزنامه هلندی ن. ر. ث. هندلز بلاد که يکشنبه گذشته (سوم اوت) منتشر شد گفته بود که اگر آيت الله خمينی اکنون زنده می بود به صف مخالفان حکومت ايران می پيوست چون حکومت اسلامی حاکم بر ايران به گفته او، رفتاری ظالمانه در پيش گرفته و حتی به احکام اسلام که خود مدعی آن است عمل نمی کند.
مردم ايران نبايد از آزادی محروم بمانند و مداخله آمريکا هم می تواند راهی برای رسيدن به آزادی باشد
سيد حسين خمينی
وی اعدام افراد، مصادره اموال و بازداشتهای غيرقانونی را نمونه های اين رفتار ظالمانه می داند.
سيد حسين خمينی تأکيد می کند که در سالهای آغازين برقراری جمهوری اسلامی در ايران که آيت الله خمينی رهبری کشور را در دست داشت نيز همين رفتارها بشدت از حکومت سر می زد و می گويد او در همان سالها نيز به اين گونه اعمال معترض بوده است.
آقای خمينی معتقد است که محمد خاتمی، رئيس جمهور اصلاح طلب ايران و يارانش در برنامه های اصلاحی خود ناکام مانده اند و علت اين ناکامی در دوگانگی ای است که در بافت نظام حکومتی و قانون اساسی ايران نهفته است.
او اعتقاد به تعيين نظام حاکم بر ايران از طريق همه پرسی دارد و می گويد آنانی که بيست و چهار سال پيش به برپايی نظام جمهوری اسلامی در ايران رأی مثبت دادند اکنون اقليت جمعيت کشور را تشکيل می دهند.
وی که برقراری آزادی در ايران را اصل و مقدم بر هر چيز ديگری می داند، با اينکه اين آزادی از طريق مداخله آمريکا در ايران برقرار باشد مخالف نيست و می گويد اگر ملت ايران در تلاش برای دستيابی به آزادی همه راهها را به روی خود بسته ببيند نبايد از رسيدن به آزادی منصرف شود و از آزادی محروم بماند که در اين صورت مداخله آمريکا هم می تواند راهی برای رسيدن به آزادی باشد.