Roedd Bryste yn ganolfan ddylanwadol iawn o ran Anghydffurfiaeth gynnar, ac nid yw'n gyd-ddigwyddiad i'r capel Anghydffurfiol cyntaf yng Nghymru gael ei sefydlu gan Annibynwyr yn Llanfaches, Sir Fynwy, yn 1639, yn agos at y ffin â Lloegr.Roedd y mudiad Piwritanaidd yn denu pobl oedd yn anfodlon gyda theyrnasiad Siarl y Cyntaf, ac fe arweiniodd hyn yn y pen draw at newid yn y gyfundrefn ac at weithred a fu tan hynny yn anodd i'w dychmygu- dienyddiad cyfreithiol Brenin Lloegr yn 1649. Dilynwyd hyn gan sefydlu'r Weriniaeth Brotestannaidd dan arweiniad Oliver Cromwell.
Un o ddeddfau cyntaf y gyfundrefn Biwritanaidd oedd 'Deddf Lledaeniad yr Efengyl' yn 1650. Yn ystod y rhyfel, roedd Cymru bron yn gyfan gwbl gefnogol i'r brenin, teyrngarwch a gadarnhaodd y farn Biwritanaidd fod Cymru yn 'gornel dywyll'.
Yng Nghymru felly fe weithredwyd y ddeddf newydd er mwyn cael gwared ar offeiriaid gwrthwynebol. Daeth y gŵr o Sir Faesyfed, Vavasor Powell, i amlygrwydd fel un oedd yn frwd dros y ddeddf newydd.
Un o ganlyniadau eraill y ddeddf oedd creu ysgolion newydd a ddysgodd blant i ddarllen ac i ysgrifennu, er i'w gwaith gael ei lesteirio gan y ffaith mai Saesneg oedd unig iaith y dysgu. Roedd Cymru dal yn wlad uniaith Gymraeg i raddau helaeth bryd hynny.
O fewn ychydig flynyddoedd wedi marwolaeth Cromwell yn 1658 dychwelodd y frenhiniaeth i Brydain. Cyflwynodd yr Adferiad gyfres o fesurau cyfreithiol yn erbyn sectau Anghydffurfiol, mesurau a gafodd eu hadnbod fel 'Côd Clarendon'.
Yng Nghymru, erlidiwyd Crynwyr Sir Drefaldwyn. Un o'r achosion enwocaf oedd achos y teulu Lloyd o Dolobran, hen deulu amlwg a pharchus. Cafodd aelodau o'r teulu eu taflu i'r carchar o ganlyniad i'w credoau. Ymatebodd rhai o'r Crynwyr drwy symud i drefedigaethau yn America i chwilio am oddefgarwch crefyddol, gan ddod, maes o law, yn aelodau amlwg o gymuned y Crynwyr yn America.
Sect Brotestannaidd arall y bu'n rhaid i'w haelodau ffoi i America oedd y Bedyddwyr. John Miles oedd sefydlydd yr eglwys gyntaf i Fedyddwyr yng Nghymru yn Ilston, Gŵyr, yn 1649. Yn ystod yr 1650au fe adeiladodd y sect ar y llwyddiant hwn, gan sefydlu capeli mewn mannau eraill ar draws de Cymru.
Eto i gyd, fe roddodd yr Adferiad ddiwedd ar y cynnydd yma yn sydyn iawn. Edwino wnaeth y capeli a diweddod John Miles ei ddyddiau yn y dre a sefydlodd yn Rhode Island, America, sef 'Swansey'.
Ar ddiwedd y degawd, yn 1689, fe esgynodd y Brenin William a'r Frenhines Mari, ill dau yn Brotestaniaid, i orsedd Lloegr. Hwn oedd y 'Chwyldro Gogoneddus'. Dan deyrnasiad William a Mari, fe basiwyd y Ddeddf Hawliau, a roddodd gychwyn ar gyfnod o oddefgarwch crefyddol.
