Gyda sêl bendith y Pâb, fe lwyddodd y Brenin William i goncro Lloegr yn 1066, ac fe adawodd i arglwyddi Normanaidd ymosod ar Gymru a chreu arglwyddiaethau ffiwdal. Aeth y meistri newydd hyn ati i ddiwygio'r eglwys yng Nghymru.
Wedi iddo gipio coron Lloegr fe adawodd Gwilym Goncwerwr rwydd hynt i arglwyddi Normanaidd i ymsefydlu ar hyd ffin Cymru. O'r fan honno, fe wnaethant ymosod ar Gymru.
Roedd Cymru mewn anhrefn yn dilyn marwolaeth y brenin Cymreig Gruffudd ap Llywelyn yn 1063. Yn 1081 ymwelodd Gwilym â Thyddewi, gan honni dangos parch ond mewn gwirionedd er mwyn arddangos ei rym dros y brodorion.
Trafodwyd cytundebau ond aeth pethau'n flêr wedi marwolaeth Gwilym yn 1087. Yn absenoldeb unrhyw bŵer i'w rhwystro, dechreuodd arglwyddi Normanaidd annibynnol greu tywysogaethau bychain yng Nghymru. Y cyntaf i gael eu cipio oedd Aberhonddu a Phenfro, a ddilynwyd gan Morgannwg. Erbyn diwedd y 10fed ganrif, sefydlwyd presenoldeb Normanaidd yng ngorllewin Cymru diolch i brif arf yr ymosodwyr, y castell. Roedd yn ymddangos y byddai'r Cymry'n dioddef yr un tynged â'r Saeson a phlygu dan iau'r y Normaniaid.
Gyda'r Normaniaid yn pwyso ar Gymru, ateb yr eglwys frodorol oedd cynhyrchu gweithiau megis 'Buchedd Dewi Sant'. Yr awdur oedd Rhigyfarch, mab yr esgob Sulien, ac fe wnaeth y gwaith ym mynachlog Llanbadarn, ger Aberystwyth, tua 1090. Y bwriad oedd rhwystro dylanwad ymwthgar Caer gaint, a oedd wedi dechrau pwyso ar Gymru yn fuan wedi i'r Normaniaid goncro Lloegr.
Erbyn hyn, roedd tua 600 mlynedd wedi mynd heibio wedi marwolaeth Dewi Sant, felly mae nifer o hanesion y 'Buchedd' yn ddeunydd mytholeg grefyddol gyffredin, ond mae digon o fanylion bywgraffyddol i ddangos bod Dewi yn arloeswr Cristnogol yng Nghymru. Yn wir, cymaint oedd dylanwed y 'Buchedd' fel y cafdd Dewi ei ganoneiddio gan y Pâb Callistus II yn 1123. Ef yw'r unig sant 'swyddogol' o 'Oes y Saint'.
Daeth y meistri Normanaidd newydd wyneb yn wyneb ag eglwys Gymreig oedd yn dal i gadw nifer o'i nodweddion hynafol. Roedd nifer o'r prif eglwysi wedi dechrau eu bywydau fel mynachlogydd, yn aml wedi eu cynnwys o fewn mynwentydd crwn, tra bod nifer o'r rhai llai wedi eu sefydlu'n wreiddiol fel merch-eglwysi i sefydliadau mwy, ac eraill hefyd wedi eu sefydlu fel capeli preifat i ryw arglwydd Cymreig lleol.
Roedd llawer o draddodiadau Cristnogol Cymru yn peri syndod i'r meistri newydd, megis y diffyg ffiniau daearyddol ar esgobaethau, a'r arfer bod offeiriaid yn priodi ac yn magu teulu a fyddai wedyn yn gwasanaethu yn yr eglwys. Cyflwynodd y Normaniaid esgobaethau â ffiniau oedd wedi eu diffinio'n ddaearyddol, ond nid oedd eu hymgais i orfodi offeiriaid i aros yn sengl ac yn ddiwair yn gwbl lwyddiannus. Roedd offeiriaid priod gyda phlant i'w cael hyd at y Diwygiad Protestanaidd.
Roedd y newidiadau crefyddol yma yn fodd arall i dynhau gafael y Normaniaid ar Gymru. Yr esgob cyntaf i dynnu llw o ffyddlondeb i Archesgob Caer gaint oedd Urban o Landaf yn 1107, ac erbyn canol y ganrif roedd holl esgobion Cymru wedi gwneud yr un peth. Enghraifft arall o'r diwygiadau hyn oedd cyflwyno urddau crefyddol cyfandirol. Y drefn fynachaidd agosaf at reolaeth Normanaidd oedd honno a sefydlwyd gan Sant Benedict. Wrth i'r castell Normanaidd cyntaf yng Nghymru gael ei godi yng Nghas gwent yn 1067, roedd gwaith yn mynd rhagddo yn yr un dref i adeiladu'r fynachlog Benedictaidd gyntaf yng Nghymru. Fe'i cwblhawyd yn 1071.
Ynghanol y ddeuddegfed ganrif, daeth urdd fynachaidd arall o Ffrainc, y Sistersiaid, i Gymru. O fewn rhyw dri deg mlynedd ar ôl iddynt gyrraedd, roedd y 'Mynaich Gwynion', yn wahanol i'r Benedictiaid, wedi uniaethu gyda'r brodorion Cymreig, sefyllfa a fyddai'n cael effaith ar ymgeisiau'r Normaniaid i goncro Cymru yn y dyfodol.
