Wrth i ddemocratiaeth y capel roi llais i Anghydffurfiaeth Gymreig, fe ddaeth dadgysylltu'r Eglwys Anglicanaidd yn fater gwleidyddol dadleuol.
Roedd Anghydffurfiaeth yn seiliedig ar egwyddorion democrataidd. Holwyd barn aelodau unigol ar drefniadaeth eu capeli - system oedd yn wahanol i natur fwy hierarchaidd yr Eglwys.
Roedd dadlau yn rhan ganolog o fywyd y capel, ac, a hwythau wedi eu tanio gan egwyddorion eu crefydd, a chyda chymorth eu llythrennedd cynyddol mewn Cymraeg a Saesneg, byddai aelodau hefyd yn trafod materion mawr y dydd.
Golygai Deddf Diwygio 1884 fod gan bob dyn hawl i bleidleisio (er y bu'n rhaid i fenywod aros tan 1918), ac roedd yr Anghydffurfwyr bellach mewn safle i ddechrau dangos ychydig o nerth gwleidyddol.
Gwelodd diacon Methodistaidd o Ddinbych y potensial yn hyn i gyd. Daeth ei enw yn enwog dros Gymru diolch i'w fusnes cyhoeddi, Gwasg Gee. Defnyddiodd Thomas Gee y wasg i helpu achos yr Anghydffurfwyr, ac fe enillodd ei gyhoeddiad enwocaf, y papur newydd wythnosol/pythefnosol Baner ac Amserau Cymru, enw am radicaliaeth ymgyrchol.
Daeth un achos yn arbennig yn thema nodweddiadol i'r papur, sef yr ymgyrch i ddadsefydlu Eglwys Loegr yng Nghymru.
Roedd y ffaith fod Anglicanwyr yng Nghymru yn dal i fwynhau breintiau cyfreithiol dros y mwyafrif Anghydffurfiol yn taro Gee, a nifer o bobl eraill, fel sefyllfa annheg iawn. Aeth y ddadl yn chwerw iawn pan gafwyd trais dros achos y degymau.
Degwm oedd taliad traddodiadol oedd yn rhoi hawl i'r Eglwys i gymryd degfed rhan o incwm pobl. Roedd modd i'r eglwys ei hawlio hyd yn oed os nad oedd y person yn mynd i'r Eglwys.
Gyda mwyafrif pobl Cymru yn mynychu'r capel, roedd gwrthdaro yn anochel a bu helynt dros y wlad. Un o'r achosion mwyaf treisgar oedd yn 1886-90 yn ardal Gee ei hun, sef Sir Ddinbych, lle cafwyd cyfres o brotestiadau a gafodd eu disgwifio yn y wasg fel 'Ryfel y Degwm'.
Bu gweision ffermydd lleol yn brwydro gyda heddlu lleol, ac fe arweiniodd y terfysgoedd yn y pen draw at filwyr yn cael eu galw i amddiffyn casglwyr y degwm wrth iddynt fynd o gwmpas eu gorchwyl amhoblogaidd.
Ffurfiwyd Cyngrhair Gwrth-Ddegwm er mwyn ymgyrchu dros y wlad. Yn ne Sir Gaernarfon yr ysgrifennydd oedd cyfreithiwr ifanc o'r enw David Lloyd George .
Erbyn 1890, roedd Lloyd George yn y Senedd fel AS dros Gaernarfon. Roedd yn un o nifer o Aelodau Seneddol Rhyddfrydol ifanc a arddelai werthoedd Anghydffurfiaeth Gymreig.
Cafodd y teimlad mai'r blaid Ryddfrydol oedd cartref Anghydffurfiaeth Gymreig ei gadarnhau yn dilyn araith gan yr arweinydd Rhyddfrydol nodedig, William Gladstone. Yn ystod un ddadl fe ddisgrifiodd y sefyllfa fel hyn: 'Anghydffurfwyr Cymru yw pobl Cymru'.
Fodd bynnag, cafodd gobeithion am ddadsefydlu eu chwalu pan gollodd y Rhyddfrydwyr etholiad 1895.
Daeth y Torïaid i rym, gan osgoi mynd i'r afael â'r mater, ac erbyn i'r Rhyddfrydwyr ddychwelyd i rym, roedd materion eraill wedi dod yn bwysicach.
Cafodd y mater ei setlo yn y diwedd 1920 pan gafodd yr Eglwys yng Nghymru ei sefydlu gyda'i Harchesgob ei hun i gynrychioli Anglicaniaeth yng Nghymru yn swyddogol.
Ond cyn i hynny ddigwydd, byddai Cymru yn profi Diwygiad Mawr, a Rhyfel Mawr.
