Roedd y sgôr yn gyfartal 6-6 ar yr egwyl wrth i Stephen Jones a Dan Carter rannu ciciau gosb, ond, fel y llynedd, newidiodd Crysau Duon i mewn i gêr uwch yn yr ail hanner.
Cais y bachwr Andrew Hore oedd tro bwynt y gêm, a daeth yr ymwelwyr o fewn modfeddi ar sawl achlysur o fewn y pum munud nesaf i groesi eto.
Roedd rhaid bodloni ar dri phwynt arall gan droed Carter, ond i Gymru aeth y gair olaf wrth i Jones ychwanegu chwe phwynt arall i gau'r bwlch.
Daeth hanner cyfle i fachu gêm gyfartal yn yr eiliadau olaf wrth i Alun Wyn Jones rhyng-gipio pas yn hanner ei hun a gweld ei ffordd yn glir ar linell Seland Newydd.
Ond doedd y cyflymder ddim yng nghoesau'r clo a methodd Cymru â manteisio ar safle ymosodol gwych.
Roedd hi'n foment brin o bryder i'r Crysau Duon mewn gêm oedd yn gyfforddus o fewn eu rheolaeth, ac mae record druenus Cymru wedi ymestyn i 21 gêm heb ennill dros y 56 blynedd diwethaf.
Ffitrwydd Carter oedd y pwnc llosg drwy gydol yr wythnos, gyda hyfforddwr Cymru Warren Gatland yn mynnu nad oedd yn disgwyl gweld y maswr yn chwarae er iddo gael ei ddewis yn y tîm.
Ond doedd dim golwg o'r anaf honedig i'w goes dde wrth i Carter agor y sgorio gyda chic gosb o flaen y pyst wedi 13 munud.
Cyn hynny, roedd Leigh Halfpenny wedi methu ymgais cyntaf Cymru at y pyst, ond roedd Jones yn llwyddiannus pum munud wedi cic Carter i unioni'r sgôr.
Dim ond y cyffyrddiad lleiaf ymlaen rwystrodd mewnwr Seland Newydd Brendon Leonard rhag sgorio'r cais cyntaf, ond roedd Cymru eisoes wedi troseddu ac ychwanegodd Carter tri phwynt arall.
Dechreuodd Cymru fwynhau digon o feddiant - gyda'r llinell yn gweithio'n effeithiol - ond yn rhy aml ildiwyd y bêl yn ardal y dacl.
Serch hynny, roedd y tîm cartref yn pwyso digon i ennill ambell i gic cosb, a llwyddodd Jones gyda chic arall at y pyst pum munud cyn yr egwyl, cyn i Carter ymateb gydag un arall i'r Crysau Duon yn fuan wedi'r toriad.
Parhau yn ddigon bratiog wnaeth y chwarae wrth gyrraedd yr hanner awr olaf, gyda'r ddau dîm yn cicio'n amlach na lledu'r bêl i'r esgyll.
Ond yna'n sydyn, newidiodd Seland Newydd gêr ac fe dalodd ffrwyth bron yn syth wrth i Hore hyrddio ei hun dros y llinell gais wedi ymosodiad ar yr ochr dywyll.
Trosodd Carter yn wych o'r ystlys chwith i roi ei dîm 6-16 ar y blaen wedi 57 munud.
Pum munud yn ddiweddarach, gafodd Conrad Smith ei ddal dros linell gais Cymru ac roedd y pac modfeddi'n fyr at sgorio eiliadau yn ddiweddarach.
Fe ddylai'r Crysau Duon fod wedi sgorio cais yn y cyfnod hwn, ond agorodd Carter y fantais i 13 pwynt, cyn i Jones ymateb yn syth gyda thri phwynt arall i Gymru.
Roedd y maswr yn gywir unwaith eto cyn pum munud i fynd i roi llygedyn o obaith i'r Cymry ac roedd y dorf ar eu traed yn fuan wedyn yn dilyn rhyng-gipiad Alun Wyn Jones.
Rhedodd y clo o hanner ei hun at 22 y gwrthwynebwyr cyn i'w bas daro yn erbyn yr asgellwr Cory Jane a diflannodd cyfle Cymru i fachu gêm gyfartal yn y funudau olaf.
Cymru: James Hook (Gweilch); Leigh Halfpenny (Gleision), Tom Shanklin (Gleision), Jamie Roberts (Gleision), Shane Williams (Gweilch); Stephen Jones (Scarlets), Gareth Cooper (Gleision); Gethin Jenkins (Gleision), Matthew Rees (Scarlets), Paul James (Gweilch), Alun Wyn Jones (Gweilch), Luke Charteris (Dreigiau), Andy Powell (Gleision), Martyn Williams (Gleision), Ryan Jones (Gweilch, capt).
Eilyddion: Huw Bennett (Gweilch), Duncan Jones (Gweilch), Bradley Davies (Gleision), Dafydd Jones (Scarlets), Martin Roberts (Scarelts), Jonathan Davies (Scarlets), Tom James (Gleision).
Seland Newydd: Mils Muliaina (Waikato Chiefs); Cory Jane (Wellington Hurricanes), Conrad Smith (Wellington Hurricanes), Ma'a Nonu (Wellington Hurricanes), Zac Guildford (Wellington Hurricanes); Dan Carter (Canterbury Crusaders), Brendon Leonard (Waikato Chiefs); Wyatt Crockett (Canterbury Crusaders), Andrew Hore (Wellington Hurricanes), Neemia Tialata (Wellington Hurricanes), Brad Thorn (Canterbury Crusaders), Jason Eaton (Wellington Hurricanes), Jerome Kaino (Auckland Blues), Richie McCaw (Canterbury Crusaders, capt), Kieran Read (Canterbury Crusaders).
Eilyddion: Corey Flynn (Canterbury Crusaders), Owen Franks (Canterbury Crusaders), Tom Donnelly , Adam Thomson (Otago Highlanders), Jimmy Cowan (Otago Highlanders), Stephen Donald (Waikato Chiefs), Ben Smith (Otago Highlanders).