Roedd Lee McEvilly wedi rhoi Wrecsam ar y blaen, yn llwyddo ar y trydydd tro wedi i'w gynigion blaenorol cael eu harbed gan y golwr a tharo'r postyn.
Daeth Grimsby yn gyfartal cyn yr egwyl gyda pheniad Paul Bolland yn dilyn cic gornel Danny Boshell.
Grimsby fu'n pwyso am y gôl i sicrhau'r pwyntiau llawn, gyda Toner yn sicrhau'r fuddugoliaeth gyda foli.
Nid yw Wrecsam wedi ennill ers i Brian Carey gymryd yr awenau wyth gêm yn ôl.
Grimsby: Barnes, Bloomer, Whittle, Fenton, Newey, Bore (North 77), Boshell, Bolland, Hunt (Jones 39), Toner, Paterson.
Eilyddion: Murray, McDermott, Grand.
Cerdyn melyn: Paterson, Newey.
Goliau: Bolland 45, Toner 90.
Wrecsam: Ruddy, Roche, Steve Evans, Gareth Evans, Valentine, Mark Jones, Danny Williams, Garrett, Llewellyn, McEvilly (Samba 81), Carvill.
Eilyddion: Ingham, Done, Mike Williams, Marc Williams.
Cerdyn melyn: Mark Jones, Roche, Llewellyn, McEvilly.
Goliau: McEvilly 28.
Torf: 5,850
Dyfarnwr: A Woolmer (Swydd Northampton).
