Ildiodd capten Y Rhyl, Timmy Edwards gic o'r smotyn wedi 19 munud wedi tacl flêr ac fe sgoriodd Darius Maciulevicius i roi'r tîm cartref ar y blaen.
Aeth Suduva ymhellach ar y blaen chwe munud yn ddiweddarach, gyda Tomas Mikuckis yn sgorio gyda pheniad.
Cafodd Lee Hunt, Marcus Orlick ac Andy Moran gyfleoedd i'r Rhyl cyn i Moran rwydo gyda deg munud yn weddill.
Sgoriodd Moran wedi camgymeriad gan y golwr i roi gobaith i'r ymwelwyr, a byddai ail gôl wedi bod yn ddigon i'r Rhyl sicrhau eu lle yn y rownd nesaf.
Ond ofer fu eu hymdrechion ac fe gafodd Gareth Wilson ei yrru o'r maes yn y fund olaf ar ôl derbyn ei ail gerdyn melyn.
Dioddefodd ymosodwr Y Rhyl, Chris Sharp, anaf difrifol a bu'n rhaid ei gludo i'r ysbyty.
FK Suduva: Padimanskas, Grigas, Gledrius Klevinskas, Davit Cigladze, Mikuckis, Maciulevicius, Urbsys, Miklinevicius, Maciulis, Braga, Abramenko.
Eilyddion: Saulius Klevinskas, Adomaitis, Giedrius Slavickas, Besik Cigladze, Vaidas Slavickas, Jasaitis, Cordeiro.
Rhyl: Whitfield, Brewerton, Tim Edwards, Mark Powell, Horan, Graves, Murtagh, Connolly, Wilson, Moran, Hunt.
Eilyddion: Gann, Moody, Sharp, Orlick, Hay, Owen, Rafferty.
Dyfarnwr: G Mujezinovic (Montenegro).