Tarodd y capten â chic rhydd wych wedi tri munud yn unig o'r gêm a bachodd ail gôl yn ystod yr ail hanner.
Ac fe allai asgellwr Manchester United wedi rhwydo hat-trick ond tarodd ergyd rymus yn erbyn y postyn.
Fe ddylai Emin Imamaliyev fod wedi dod â'r Azeri yn gyfartal cyn yr egwyl ond arbedodd Paul Jones ei ergyd yn wych.
Ac yn yr ail hanner llwyddodd Giggs i ddawnsio heibio pedwar amddiffynnwr, cyn crymanu ergyd heibio'r golwr am ei 11eg gôl rhyngwladol.
Mae'r fuddugoliaeth yng Nghaerdydd, ar gefn y fuddugoliaeth 3-2 yn erbyn Gogledd Iwerddon yn Belfast, yn sicrhau buddugoliaethau cefn wrth gefn i Gymru am y tro cyntaf ers 1998.
Ac mae'n golygu fod Cymru'n gorffen y grŵp yn y pedwerydd safle.
Ac mae'r modd gorffenwyd y grŵp yn argoeli'n dda ar gyfer y dasg enfawr o geisio cyrraedd Pencampwriaeth Ewro 2008.
Cymru: Jones, Duffy, J Collins, Gabbidon, D Collins (Ricketts, 54), Davies, Fletcher (Crofts, 69), Robinson, Vaughan, Giggs (Cotterill, 73), Hartson.
Eilyddion: Earnshaw, Williams, Edwards, Margetson.
Azerbaijan: Kramarenko, Mahir Shukurov (Poladov, 69), Agayev, Sadygov, Amirbekov (Bakhshiev, 80), Kerimov, Guliyev, Muzika, Ismaylov, Imamaliyev, Tagizade.
Eilyddion: Nabiyev, Akhmedov, Gurbanov, Hasanzade, Aliyev.
Dyfarnwr: Martin Hansson (Sweden).
