Synnwyd y byd pêl-droed fore Iau gyda'r newyddion fod Mourinho wedi gadael Chelsea yn oriau man y bore gyda'r Gleision yn penodi cyfarwyddwr pêl-droed y clwb, Avram Grant, fel ei olynydd.
Mewn datganiad, dywedodd Chelsea fod anawsterau yn y berthynas rhwng Mourinho a pherchennog y clwb, Roman Abramovich wedi dechrau amharu ar berfformiadau'r tîm.
"Mae canlyniadau diweddar yn profi hynny. Nid oeddem ni am i hyn barhau."
> Adroddiad: Mourinho yn gadael Chelsea
Bu Mourinho yn ffarwelio efo'i chwaraewyr ym maes ymarfer Cobham fore Iau a chredir fod Didier Drogba yn ei ddagrau wrth i'r gŵr o Bortiwgal adael.
Yn dilyn y digwyddiadau syfrdanol dros nos, cafwyd datganiad ar wefan y clwb yn diolch i'r cefnogwyr am eu hamynedd yn ystod "y cyfnod cythryblus" yma.
Meddai'r datganiad: "Mae'n briodol ein bod ni'n egluro'r penderfyniad sydd wedi gweld Jose Mourinho yn gadael Chelsea ac hefyd yn cydnabod ei gyfraniad anferth i'r clwb ac i bêl-droed yn Lloegr.
"Yn gynnar y bore 'ma fe gyhoeddodd Chelsea a Jose Mourinho eu bod wedi cytuno i wahanu.
"Y gair allweddol yma ydi cytuno. Nid oedd Jose wedi ymddiswyddo ac ni chafodd Jose ei ddiswyddo.
"Ond yr hyn ddaeth i'r amlwg oedd ein bod ni wedi cyrraedd pwynt lle roed y berthynas rhwng Jose a'r clwb wedi chwalu. Fe ddigwyddodd hyn er i'r ddwy ochr geisio dod i gytundeb dros y misoedd diwethaf."
"Mae'r nod i Chelsea yn y byd pêl-droed yn aros yr un peth ac rydym yn gobeithio parhau â'r nod yna wrth benodi Avram Grant a Steve Clarke.
> Avram Grant i gymryd yr awenau
"Rydym yn talu teyrnged anferthol i Jose. Ef yw'r rheolwr mwyaf llwyddiannus yn hanes y clwb ac mae'n haeddu ei le yn y llyfrau hanes.
"Bydd croeso mawr iddo ef yn Stamford Bridge fel gwestai Chelsea neu fel rheolwr clwb arall."
Mae Adran Chwaraeon y BBC wedi cael ar ddeall fod Jose Mourinho yn debygol o dderbyn £25m gan Chelsea.
Ond mae tair blynedd yn weddill ar gytundeb Mourinho a chredir bod y cytundeb hwnnw'n werth tua £5.2m y flwyddyn.
Mae cyfreithwyr ar ran y ddwy ochr yn parhau i drafod telerau'r pecyn ond daeth cadarnhad hefyd fod tîm hyfforddi Mourinho, Baltemar Brito a Rui Faria, hefyd wedi gadael y clwb.